W istniejącym od 1918 roku Katolickim Uniwersytecie Lubelskim Jana Pawła II Wydział Teologii od początku stanowi podstawową instytucję naukową i wychowawczą. W ciągu ponad 90 lat działalności wpisał się on w misję Uniwersytetu, którą jest prowadzenie badań naukowych w duchu harmonii między nauką i wiarą, kształcenie i wychowanie inteligencji katolickiej oraz współtworzenie chrześcijańskiej kultury. Tożsamość Wydziału wyrażona jest w staraniach o wysoki poziom badań naukowych i kształcenia akademickiego, pogłębiania i upowszechniania chrześcijańskiej wizji człowieka i świata w kontekście wyzwań współczesności, trosce o zachowanie i rozwój najcenniejszych tradycji Kościoła i Ojczyzny i formowaniu w tym duchu młodego pokolenia.
Kilkudziesięcioletnia tradycja Wydziału Teologii KUL doprowadziła do uformowania się znaczącego środowiska teologicznego nie tylko w Polsce, ale również w świecie. Badania podejmowane na Wydziale Teologii mają charakter teologiczny i humanistyczny. Prowadzone są one w ramach działalności: Instytutu Nauk Biblijnych; Instytutu Teologii Fundamentalnej, Instytutu Teologii Dogmatycznej, Instytutu Teologii Moralnej, Instytutu Teologii Duchowości, Instytutu Ekumenicznego, Instytutu Historii Kościoła i Patrologii, Instytutu Teologii Pastoralnej i Katechetyki, Instytutu Muzykologii, Instytutu Nauk o Rodzinie i Pracy Socjalnej, Instytutu Liturgiki i Homiletyki, Ośrodka Archiwów, Bibliotek i Muzeów Kościlenych oraz Ośrodka Badań Wschodnioeuropejskich – Centrum Ucrainicum.
Instytut Nauk Biblijnych wnosi znaczący wkład w rozwój badań nad orędziem teologicznym i filologicznym Pisma Świętego. Główne kierunki badań to: języki semickie, egzegeza Starego i Nowego Testamentu, literatura i historia okresu Drugiej Świątyni, chrystologia, eklezjologia. Pracownicy tego Instytutu aktywnie współpracują i współtworzą Nowy Komentarz Biblijny, jak też wnoszą znaczący wkład w przygotowanie nowych tłumaczeń Pisma świętego i przybliżanie jego teologii i znaczenia dla kultury europejskiej.
Instytut Ekumeniczny KUL prowadzi badania z zakresu historii ruchu ekumenicznego, katolickich zasad ekumenizmu, historii i doktryny innych Kościołów i wspólnot chrześcijańskich oraz dialogu Kościołów i kultur, przyczyniając się do upowszechnianiem wyników ekumenicznych dialogów teologicznych. Stale współpracuje z polskimi i zagranicznymi ośrodkami slawistycznymi w zakresie badań nad teologią i duchowością w krajach słowiańskich. Należy do promotorów współpracy ekumenicznej z ośrodkami teologicznymi w Europie Wschodniej, kontynuuje również kontakty z liczącymi się ośrodkami ekumenicznymi w Europie Środkowej i Zachodniej. Poprzez swą działalność dydaktyczną oraz publikacje wyników badań naukowych przyczynia się znacznie do rozwoju w Polsce teologii ekumenizmu i sprawia, że KUL może poszczycić się najsilniejszym ośrodkiem ekumenizmu akademickiego w Polsce.
Powołany do życia w 1964 r. Instytut Historii Kościoła i Patrologii jest jedyną tego typu placówką – poza Wydziałem Historii Kościoła Uniwersytetu Gregoriańskiego w Rzymie – przygotowującym do pracy dydaktycznej i badawczo-naukowej z zakresu patrologii, szeroko rozumianej historii Kościoła, historii zakonów, dziejów teologii, metodologii i nauk pomocniczych historii, dziejów kultury chrześcijańskiej, edytorstwa źródeł historycznych oraz archiwistyki kościelnej. Podstawowym zadaniem Instytutu Historii Kościoła i Patrologii jest prowadzenie systematycznych, metodycznych badań naukowych nad dziejami Kościoła powszechnego i polskiego we wszystkich przejawach działalności i we wszystkich okresach historycznych w szerokim kontekście życia społeczno-politycznego.
Badania naukowe prowadzone w Instytucie Muzykologii KUL są ukierunkowane na muzykę religijną w Polsce i w innych krajach Europy. Główne nurty badań koncentrują się wokół problematyki chorału gregoriańskiego, polifonii religijnej, pieśni religijnej i instrumentów muzycznych, a w szczególności organów. Wpisanie tychże badań w nurt programów badawczych o zasięgu europejskim pozwala spojrzeć na muzykę polską jako na ogniwo łączące tradycje muzyczne Wschodu i Zachodu.
W ramach Instytutu Nauk o Rodzinie i Pracy Socjalnej prowadzone są badania interdyscyplinarne w zakresie nauk o rodzinie. Mają one na celu określenia aktualnej sytuacji rodziny stojącej wobec współczesnych wyzwań społeczno-kulturowych. Katedry funkcjonujące w ramach Instytutu podejmują ważkie i aktualne w obliczu kryzysu rodziny badania: historii rodziny w ogóle, pedagogiki, socjologii, psychologii, teologii i prawa, opieki paliatywnej i hospicyjnej, wpływu masmediów na rodzinę oraz pracy socjalnej.
Instytut Teologii Dogmatycznej szeroko współpracuje na rzecz promocji człowieka widzianego w perspektywie naturalnej, jak i nadprzyrodzonej. Służą temu kontakty z ośrodkami uniwersyteckimi w Niemczech, Włoszech, Hiszpanii, Słowacji i na Ukrainie. Tym samym Instytut ma na celu promocję polskiej myśli teologicznej i personalistycznej w kontekście wyzwań, przed którymi stoi obecnie Europa Środkowo-Wschodnia. W jego ramach podejmowane są badania w zakresie antropologii teologicznej, personalizmu chrześcijańskiego, teologii historii, historii dogmatów, chrystologii, pneumatologii, eklezjologii, mariologii, teologii kultury i teologii ikony. Ważnym elementem badań jest podjęcie studiów nad myślą teologiczną Josepha Ratzingera, czemu ma służyć m. in. wydanie jego Opera Omnia.
Podejmowane przez pracowników Instytutu Teologii Duchowości zadania i prace badawcze dotyczą szeroko rozumianych zagadnień życia duchowego i jego rozwoju. W badaniach, które prowadzi Instytut uwzględniane jest zainteresowanie ze strony społeczeństwa takimi problemami, jak: mistyka, medytacja, ruchy religijne, zjawiska paramistyczne i parapsychologiczne, będące często następstwem duchowego zniewolenia.
Celem badań Instytutu Teologii Fundamentalnej jest zaprezentowanie współczesnych koncepcji chrystologicznych, eklezjologicznych i religiologicznych oraz danie odpowiedzi na pojawiające się próby ich zakwestionowania. Instytut prowadzi również badania nad religiami ludów pozaeuropejskich, polską obrzędowością ludową, tanatologią ludową i nowymi ruchami religijnymi, gdyż coraz większy pluralizm kulturowo-religijny współczesnej Polski i Europy stawia pytania nie tylko o znaczenie poszczególnych pozachrześcijańskich tradycji religijnych i teologicznych, lecz także o tożsamość chrześcijaństwa oraz o jego miejsce w świecie religii. Znajomość innych kultur i religii, upowszechniana przez Instytut, stanowi istotny składnik ogólnej wiedzy studentów teologii, ma też walory wychowawcze i społeczne oraz pomaga wyrobieniu głęboko humanistycznej, tolerancyjnej i życzliwej postawy w stosunku do ludzi o innych przekonaniach religijnych.
Instytut Teologii Moralnej prowadzi wielopłaszczyznowe badania, które koncentrują się na kwestii metodologii, problematyce sumienia, grzechu i prawa oraz historii teologii moralnej w ujęciu katolickim i ekumenicznym, na moralności społecznej, zagadnieniach małżeństwa i rodziny oraz bioetyki. Spośród kwestii bioetycznych podjęto refleksję etyczną nad szeroko dyskutowanymi zagadnieniami: genetyką, komórkami macierzystymi oraz zagrożeniami życia i zdrowia.
W Instytucie Teologii Pastoralnej i Katechetyki prowadzone są badania nad szeroko rozumianą teologią pastoralną, w którą wpisują się następujące specjalizacje: liturgiczna, homiletyczna, katechetyczna, teologiczno pastoralna, pastoralna (praktyczna), duszpasterstwo rodzin i edukacja medialna. W ramach specjalizacji katechetycznej prowadzone są m.in. badania związane z teologią katechezy, utrzymaniem dyscypliny i ładu w katechezie, dydaktyką katechetyczną. Wynikają one z aktualnych wyzwań edukacyjnych wskazanych przez dokumenty nauczania Kościoła oraz państwowe dokumenty oświatowe regulujące nauczanie religii w szkole. Zmierzają one również do podniesienia jakości kształcenia przyszłych nauczycieli religii. Ważnym nurtem badań w Instytucie jest teologia praktyczna dotycząca przedmiotu i podmiotu duszpasterstwa. Najmłodszym kierunkiem, jaki wykształcił się w jej łonie jest Teologia charytatywna. Stanowi ona szczegółowy dział teologii praktycznej zajmujący się refleksją teologiczną nad kierunkami rozwoju działalności charytatywno-społecznej. Celem tej dziedziny wiedzy jest tworzenie pastoralnych modeli działalności charytatywnej zarówno w strukturach Kościoła, jak i w strukturach społecznych państwa. Podjęcie badań o charakterze teoretyczno-empirycznym nad wolontariatem w Polsce przyczyni się do rozwoju tej stosunkowo słabo rozwiniętej w Polsce dziedziny wiedzy.
Do zasadniczych zadań pracowników Ośrodka Archiwów, Bibliotek i Muzeów Kościelnych należy sprawowanie opieki metodyczno-naukowej nad archiwami, bibliotekami i muzeami kościelnymi wPolsce, tak diecezjalnymi, jak i zakonnymi oraz prowadzenie własnych badań naukowych, które upowszechniane są w ukazującym się od 1959 r. półroczniku „Archiwa, Biblioteki i Muzea Kościelne”. Ośrodek prowadzi akcję mikrofilmowania i opracowywania cennych i najczęściej wykorzystywanych do badań naukowych materiałów archiwalnych (np. akta wizytacji kościołów i parafii) i bibliotecznych (starodruki, np. akta synodów; rękopisy biblioteczne, np. modlitewniki, kancjonały), które służą zachowaniu dziedzictwa historycznego i dalszym badaniom naukowym.
Nowopowstały Ośrodek Badań Wschodnioeuropejskich – Centrum Ucrainicum ogniskuje swoje badania wokół tematyki Ukrainy i pozostałej części Europy Wschodniej, a celem badań jest ukazanie wielokulturowości Europy wschodniej, przykładów współżycia w atmosferze odmiennych doświadczeń religijnych różnych narodowości.
